伊通，古称一秃、伊敦、伊屯，均系满语音译，源于伊通河名，意为宏大、汹涌之河。
　　
　　晋代，伊通属挹娄；南北朝时属勿吉白山部；隋属高句丽。
　　
　　唐灭高句丽，设渤海国，分五京十五府六十二州，伊通属中京显德府荣州。
　　
　　五代时，辽灭渤海国建东丹国，伊通属人皇王辉发部。1105年（辽天庆五年），女真族完颜部首领阿骨打灭辽称帝，创建金国，伊通属东京咸平路。
　　
　　元代，地方实行行省制，全国设11行省，辽阳行省下设一府七路，伊通属咸平府开元路。
　　
　　明初，废元行省制，于东北设奴儿干都司，伊通分属奴儿干都司之塔山卫、勒克山卫、呼兰山卫、乌尔坚山卫、伊敦河卫、雅哈河卫、乌苏卫、穆苏河卫、呼鲁河卫等。明末，海西女真崛起，形成叶赫、哈达、辉发、乌拉四部，伊通大部属叶赫部，东南一隅属辉发部。
　　
　　1616年（天命元年），建州女真首领努尔哈赤建立后金。1619年灭叶赫，伊通全境尽归建州女真所属。
　　
　　1681年（康熙二十年）修筑京师至吉林驿道，伊通地当盛京至吉林之中，设蒙古霍罗、叶赫、赫尔苏、阿勒坦额墨勒、伊巴丹五处驿站。
　　
　　1728年（雍正六年），伊通设镶黄、正黄二旗公署，隶属永吉厅。
　　
　　1814年（嘉庆十九年）设伊通河分防巡检，隶属吉林厅。
　　
　　1882年（光绪八年）建伊通州，属吉林府。同时建磨盘山分防巡检，隶属伊通州。1887年，撤磨盘山分防巡检，改设分州，隶属伊通州。1902年，磨盘山分州从伊通州划出，设磐石县，隶属伊通州。1903年，设赫尔苏分州，隶属伊通州。
　　
　　1909年（宣统元年），伊通州升为直隶州。
　　
　　1913年3月，撤州建县，称伊通县，隶属长春道，设县公署，置县知事。
　　
　　1929年2月，县公署改称县政府，县知事改称县长。
　　
　　1931年“九·一八”事变后，日本侵略者占领东北，翌年设伪伊通县公署，隶属伪吉林省。1941年1月1日，伊通县与双阳县合并，称通阳县，伪县公署设在伊通街。
　　
　　1945年“八·一五”东北光复，中国共产党收复伊通，建立通阳县民主联合政府。
　　
　　1946年3 月15日，撤销通阳县，恢复伊通县和双阳县。
　　
　　1946年5月20日，国民党占领伊通，伊通县政府转移辉南县境内。
　　
　　1947年10月1日伊通县解放，伊通县政府迁回伊通县城，隶属吉林省；1956年11月，伊通县为公主岭专员公署所辖；1958年为四平专员公署所辖；1983年8月为四平市所辖；1985年2月为公主岭市所辖，同年12月复归四平市所辖。
　　
　　1988年8月30日，经国务院批准，撤销伊通县，设立伊通满族自治县，隶属四平市。